第一階段修習科目和學分數(高一高二課程):
第一階段所列科目,由臺南一中教師擔任並輔以成大教授協助。
專題研究採彈性上課方式,可以由學生主動提出研究計畫,並安排老師或教授指導與輔導。
輔導教師應適時規劃實施「生涯規劃」、「生命教育」和「親子教育」等課程於綜合活動課程。
專題研究課程必須參加成功大學、臺南一中或其他單位辦理之專題講座,講座後必須提出書面心得報告一篇(500字以上)並審核通過才列入時數。
第一階段修習後,必須參加並通過全國科學班資格考,使得參加第二階段修課。
第二階段修習科目和學分數(高三課程):
第二階段所列語文和人文科目、「個別科學研究」皆為必修。
學生在「微積分」、「普通物理」、「普通化學」、「普通生物」4科中,必須至少選1科為必修的主科,其餘科目為選修。
「個別科學研究」由大學教授指導,2學分。學生必須完成「個別科學研究」計畫,且經審查(規範另訂之)通過後,始能取得就讀科學班證明。
第二階段學生除了修讀必修的科目之外,亦可視自身的能力和興趣,輔導自由選修大學所開設的科目。